慢性丙肝病患者，如轉氨酶(或所謂的肝酵素)升高，便要考慮治療。

治療方法是用聚乙二醇干擾素和利巴韋林，清除病毒的成功率和療程長短視乎病毒基因型而定。

基因二、三型只需醫六個月，成功率可達八成。

基因一型療程一年，成功率四至五成。

早期肝硬化的病人，也需耍考慮治療，因為只要成功把病毒清除，病人肝病繼續惡化及將來有肝癌的風險，會大大減低。

直接抗病毒藥物(簡稱DDA)是最新治療丙型肝炎的方法，可以把成功率大大提升；估計在未來數年內，這些藥會被更廣泛使用。

干擾素的副作用包括類似感冒徵狀，體重下降，甲狀腺病，情緒問題。

脫髮，白血球減少等。但這些副作用一般隨停藥消失。

利巴韋林則可能導致溶血性貧血，故治療期間病人要定期驗血紅素。

這些藥物可能引起畸胎，所以不論男女病人均需在服藥期間及停藥後六個月內避孕。